ポップアップを派手に使うと嫌われます。程々に使えば有効な手段です。
DOMを生成して表示
今はこの手法が主流です。
なっからホームページなら、YouTubeコンテンツの表示に使っています。
マウスオーバーでポップ
単語の意味まで本文に書かなくて済みますので、本文がくどくならないのが利点です。
ただし多用するとポップがるさくて本文を読む邪魔になります。
別Windowで表示
スパム的広告で多用されてしまい、他ドメインを開くとPOPUP警告の対象です。
ちゅんラヂで都道府県のエリア選択で使っています。